Многие биографы Юнга упускают тот факт, что осознанное детство Юнг провел не в Лауфене, а в Кляйнхенингене, в пригороде Базеля. Туда переехали родители Юнга, когда тому едва исполнилось 4 года. Отец Пауль начал служить в церкви, называемой «Дорфкирхе» («Сельская церковь»). Семья Юнгов жила на улице Дорфштрассе, 39 неподалеку от храма. Юнг (младший) пишет: «К тем годам, проведенным в Кляйнхенингене, относятся мои ранние впечатления, связанные с искусством. Дом, в котором мы жили, построили в XVIII веке для священника. В нем была темная комната, где стояла добротная мебель, а на стенах висели старинные картины. Особенно мне запомнилась итальянская картина, изображавшая Давида и Голиафа. Это была копия с полотна Гвидо Рени, оригинал которого находится в Лувре. Как она попала в нашу семью, мне не известно. В той комнате была еще одна старая картина, которая теперь висит в доме моего сына: вид Базеля, датированный началом XIX века. Часто я прокрадывался в эту темную, отделенную от других комнату и часами сидел там, уставившись на картины. Это было единственное проявление прекрасного, известное мне».
Вскоре переезда Юнг осознал, что терпеть не может ходить в церковь и слушать проповеди отца. «В какой-то момент для меня стало положительно невозможным принять Христа, и я помню, что с одиннадцати лет меня начала интересовать идея Бога. Я молился Ему, и это действовало на меня умиротворяюще. В этом не было противоречия. Я не испытывал недоверия к Богу. Более того, Он был не «черный человек» и не «Her Jesus», изображенный на картинках, где Он появляется в чем-то ярком, окруженный людьми, которые ведут себя с ним совершенно панибратски. Он (Бог) - существо, ни на что не похожее, которое, как мне было известно, никто не может себе представить. Он представлялся мне кем-то вроде очень могущественного старца. Моему ощущению отвечала заповедь «Не сотвори себе кумира». С Богом нельзя было обращаться так фамильярно, как с Христом, который не являлся ничьей «тайной».
В Базеле Юнг посещал гимназию, затем Базельский университет, старейший в Швейцарии (основанный еще в 1460 году). После окончания университета он переехал в Цюрих, однако на склоне лет он уже в качестве преподавателя и доктора медицинских наук вернулся в это город своего детства.
По сравнению со всеми остальными населенными пунктами, где жил Юнг до этого, Базель (второй по величине город в Швейцарии) казался ему, безусловно, очень крупным городом. Поступив в школу он столкнулся с тем, что был намного беднее остальных. В то время как другие ученики, по словам Юнга, были отлично одеты и имели прекрасные манеры и кучу карманных денег, Карл Густав ходил в дырявых башмаках и был замкнутым и довольно нелюдимым.
Несмотря на то, что Юнг избегал хождения в церковь, его жизнь в Базеле была полна удивительных видений и осознаний, часто глубоко духовного характера. Некоторые из этих видений, особенно те, что были связаны с богом, имели очень сильное воздействие на его детскую психику. «В один из летних дней того же 1887 года я вышел из школы и отправился на соборную площадь. Небо было изумительным, и все вокруг заливал яркий солнечный свет. Крыша кафедрального собора, покрытая свежей глазурью, сверкала. Это зрелище привело меня в восторг, и я подумал: Мир прекрасен, и церковь прекрасна, и Бог, который создал все это, сидит далеко-далеко в голубом небе на золотом троне и...» Здесь мысли мои оборвались, и подступило удушье. Я оцепенел и помнил только одно: сейчас не думать! Надвигается что-то ужасное, то, о чем я не хочу думать, к чему не смею приблизиться».
Базельский центральный собор построен из розового известняка. Его строительство длилось несколько веков с 1019 по 1500 г. на месте кельтского вала, призванного защищать поселение в древние времена. Крыша Базельского собора покрыта глазурированной разноцветной черепицей. Отдаленно она напоминает раскраску змеи. Базельский кафедральный собор был закрыт уже с начала XVII в., когда город окончательно перешел в протестантизм, а с начала XIX в. в нем действует исторический музей.
Образ Базельского собора и непривычная мысль о совмещении абсолютного добра и абсолютного зла не покидала Юнга в ту ночь. «Я придумывал хвалы Творцу этого прекрасного мира, был благодарен Ему за этот ни с чем не сравнимый дар, но почему же я должен думать о чем-то непостижимо жестоком? Я не знаю, что это, действительно не знаю, потому что не могу и не должен подходить сколько-нибудь близко к этой мысли, иначе я рискую внезапно подумать об этом». Много лет спустя, в апофеозе своей карьеры в Цюрихе в 1916 году Юнг до конца осознал и вошел в контакт с божеством, которое вмещало в себя обе основополагающие противоположности. Это был Абраксас.